上海海港足球俱乐部，前身是上海东亚足球俱乐部，始建于2005年12月25日，主场位于上海市浦东足球场，由中国著名的上海本土教练徐根宝发起组建，球队以原上海根宝足球基地的青少年球员为主要班底。
2000年5月16日，著名足球教练徐根宝在崇明岛创办上海根宝足球基地，旨在为国家培养足球人才，并打造一支“中国的曼联”征战中国足球顶级联赛。2005年，根宝足球基地培养的第一批青年球员已经接近专业水平，有10人被选入U-17国少队。同年12月，上海东亚集团和上海根宝足球基地有限公司共同出资，注册成立了上海东亚足球俱乐部，徐根宝本人拥有俱乐部的绝对控股权。
2006年，上海东亚队首次参加职业联赛，在当年的中国足球乙级联赛取得南区第七名；2007年，徐根宝出任东亚队总教练，该年上海东亚被分到中乙联赛北区，并取得北区冠军，在决赛阶段先后战胜安徽九华山与四川队，最终夺得中乙联赛冠军，成功升入中甲联赛。从俱乐部组建到冲甲成功，徐根宝只用了两年。
2011年12月31日，上海东亚以三年3000万元的价格将冠名权出售给中邦集团，队名更改为上海特莱士队。2012年9月29日，上海东亚客场3-0战胜哈尔滨毅腾后，提前三轮冲超成功。
2013赛季，上海上港集团冠名了上海东亚队；2014年11月18日，上港集团完成了对上海东亚足球俱乐部的整体收购，俱乐部同时更名为“上海上港集团足球俱乐部”，并聘请徐根宝担任总顾问。
2015年，上海上港集团队夺得中超亚军，首获亚冠联赛参赛资格；同年，上海上港集团青年队代表上海青运队夺得首届全国青运会U18男足比赛冠军。2016赛季，上海上港集团首次晋级亚冠八强。2017赛季，球队首次跻身亚冠四强。2018年，上港主教练为维克托·佩雷拉，他带领着球队夺下中超联赛冠军。
2020年，上海上港将主场迁至上海浦东新区源深体育发展中心，体育场内设观众席位1.6万个。2021年上海上港改名为上海海港。
